教員情報 - 清水　光弘

1.	論文	A budding yeast CAGE dataset comprising two cell types Genes & Genetic Systems 99(24-00020),pp.1-7 （共著） 2024/03
2.	論文	In vivo でのクロマチン解析に用いるケミカルマッピング法の改良明星大学理工学部研究紀要 59,1-4頁（共著） 2024/03
3.	著書	ベーシックマスター　分子生物学（改訂2版）（共著） 2013/10
4.	著書	ベーシックマスター　生化学（共著） 2008
5.	著書	Chromatin alteration and gene expression control by alternative DNA structures. DNA Structure, Chromatin and Gene Expression pp.85-99 （共著） 2006
6.	著書	ベーシックマスター分子生物学（共著） 2006
7.	著書	Biology and Chemistry of Z-DNA and Triplexes. The Bacterial Chromosome, (K. Drlica, and M. Riley, eds.) pp.187-194 （共著） 1990
8.	著書	Left-Handed Z-DNA In Vivo. Structure and Methods Vol. 2: DNA Protein Complexes & Proteins, (R. H. Sarma and M. H. Sarma, eds. pp.25-55 （共著） 1990
9.	著書	Z-DNA and Triplexes. Molecular Mechanisms in DNA Replication and Recombination, (C. Richardson and I. R. Lehman, eds.) 127,pp.79-91 （共著） 1990
10.	論文	Asymmetric patterns of nucleosome positioning sequences in protein-coding regions bioRxiv （共著） 2023/04
11.	論文	Chemical map-based prediction of nucleosome positioning using the Bioconductor package nuCpos BMC Bioinformatics 22(1),pp.322 （共著） 2021/06
12.	論文	Sequence-dependent nucleosome formation in trinucleotide repeats evaluated by in vivo chemical mapping Biochem. Biophys. Res. Commun. 556,pp.179-194 （共著） 2021/04
13.	論文	ヌクレオソームポジショニングのゲノムワイド解析細胞 52(9),503-507頁（共著） 2020/08
14.	論文	The yeast minichromosome system consisting of highly positioned nucleosomes in vivo. Biological and Pharmaceutical Bulletin 42(2),pp.in press. （共著） 2019
15.	論文	Parallel mapping with site-directed hydroxyl radicals and micrococcal nuclease reveals structural features of positioned nucleosomes in vivo PLoS One 12(10),pp.e0186974 （共著） 2017
16.	論文	Sequence-directed nucleosome-depletion is sufficient to activate transcription from a yeast core promoter in vivo. Biochem. Biophys. Res. Comm. 476,pp.57-62 （共著） 2016
17.	論文	Cryogenic coherent x-ray diffraction imaging for biological non-crystalline particles using the KOTOBUKI-1 diffraction apparatus at SACLA. J. Phys. B: At. Mol. Opt. Phys. 48,pp.184003 （共著） 2015
18.	論文	Nucleosome organization and chromatin dynamics in telomeres. Biomolcular Concepts 6,pp.67-75 （共著） 2015
19.	論文	Telomeric repeats act as nucleosome-disfavouring sequences in vivo. Nucleic Acids Research 42,pp.1541-1552 （共著） 2014
20.	論文	5-Bromodeoxyuridine induces transcription of repressed genes with disruption of nucleosome positioning. FEBS J. 277,pp.4539-4548 （共著） 2010
21.	論文	Highly efficient chromatin transcription induced by superhelically curved DNA segments: The underlying mechanism revealed by a yeast system. Biochemistry 49,pp.2351-2358 （共著） 2010
22.	論文	Solution Structures and DNA Binding Properties of the N-terminal SAP Domains of SUMO E3 Ligases from Saccharomyces cerevisiae and Oryza sativa. Proteins 75(2),pp.336-347 （共著） 2009
23.	論文	5-Bromouracil disrupts nucleosome positioning by inducing A-form-like DNA conformation in yeast cells. Biochemical and Biophysical Research Communications 368(3),pp.662-669 （共著） 2008
24.	論文	In vivo and in vitro footprinting of nucleosomes and transcriptional activators using an infrared-fluorescence DNA Sequencer. Biological and Pharmaceutical Bulletin 31(2),pp.187-192 （共著） 2008
25.	論文	Transcriptional repression by the Pho4 transcription factor controls the timing of SNZ1 expression. Eukaryotic Cell 7(6),pp.949-957 （共著） 2008
26.	論文	A nucleosome positioned by alpha2/Mcm1 prevents Hap1 activator binding in vivo. Biochemical and Biophysical Research Communications 364(3),pp.583-588 （共著） 2007
27.	論文	Effect of sequence-directed nucleosome disruption on cell-type-specific repression by alpha2/Mcm1 in the yeast genome. Eukaryotic Cell 5(11),pp.1925-1933 （共著） 2006
28.	論文	オゾン酸化・銀電解殺菌を併用した超音波レビテーション洗浄消毒装置の開発防菌防黴誌 34(4),201-209頁（共著） 2006
29.	論文	Effect of histone methyltransferase mutations on sporulation in S. cerevisiae. Nucleic Acids Symp. Ser. 49,pp.325-326 （共著） 2005
30.	論文	The linker histone homolog Hho1p from Saccharomyces cerevisiae represents a winged helix-turn-helix fold as determined by NMR spectroscopy. Nucleic Acids Res. 31(24),pp.7199-7207 （共著） 2004
31.	論文	Purification of single-strand DNA binding protein from an Escherichia coli lysate using counter-current chromatography, partition and precipitation. J. Chromatogr. B 793,pp.275-279 （共著） 2003
32.	論文	Separation and recovery of DNA fragments by electrophoresis through a thermoreversible hydrogel of multiplied block copolymers composed of poly (ethylene oxide) and poly (propylene oxide). Anal. Biochem. 323,pp.218-223 （共著） 2003
33.	論文	Yeast Ume6p repressor permits activator binding but restricts TATA-box binding protein association with the HOP1 promoter. Nucleic Acids Res. 31,pp.3033-3037 （共著） 2003
34.	論文	A C-terminal segment with properties of alpha-helix is essential for DNA binding and in vivo function of zinc-finger protein Rme1p. J. Biol. Chem. 131,pp.153-160 （共著） 2002
35.	論文	Distorted DNA structures induced by HMGB2 possess a high affinity for HMGB2. J. Biochem. 131,pp.153-160 （共著） 2002
36.	論文	Effects of triplet repeat sequences on nucleosome positioning and gene expression in yeast minichromosomes. Nucleic Acids Res. Supple. 2,pp.231-232 （共著） 2002
37.	論文	The role of nucleosome positioning in repression by the yeast alpha2/Mcm1p repressor Nucleic Acids Res. Supple. 2,pp.93-94 （共著） 2002
38.	論文	Chromatin structure of yeast minichromosomes containing triplet repeat sequences associated with human hereditary neurological diseases. Nucleic Acids Res. Supple. 1,pp.71-72 （共著） 2001
39.	論文	Destabilization of nucleosomes by an unusual DNA conformation adopted by poly dA•poly dT tracts in vivo. EMBO J. 19,pp.3358-3365 （共著） 2000
40.	論文	A role of the C-terminal region adjacent to the zinc-fingers in the DNA binding ability of Rme1p, a regulator of meiosis in S. cerevisiae. Nucleic Acids Symp. Ser. 42,pp.201-202 （共著） 1999
41.	論文	転写制御におけるクロマチンの構造変化のメカニズム生物物理 39,376-380頁（単著） 1999
42.	論文	Genomic footprinting of the yeast zinc-finger protein Rme1p and its roles in repression of the meiotic activator IME1. Nucleic Acids Res. 26,pp.2329-2336 （共著） 1998
43.	論文	Dissection of the DNA binding domain of yeast Zn-finger protein Rme1p, a repressor of meiotic activator IME1. Nucleic Acids Symp. Ser. 37,pp.175-176 （共著） 1997
44.	論文	Dynamics in the isomerization of intramolecluar DNA triplexes in supercoiled plasmids. Nucleic Acids Res. 25,pp.4786-4791 （共著） 1997
45.	論文	Functional domains of E. coli single-stranded DNA binding protein as assessed by analyses of the deletion mutants. Biochemistry 36,pp.6732-6738 （共著） 1997
46.	論文	Transcriptional repression at a distance through exclusion of activator binding in vivo. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94,pp.790-795 （共著） 1997
47.	論文	Characterization of the binding of HU and IHF, homologous histone-like proteins of Escherichia coli, to curved and uncurved DNA. Biochim. Biophys. Acta 1264,pp.330-336 （共著） 1995
48.	論文	The binding specificity and affinity of E. coli Integration Host Factor (IHF) are influenced by the flexibility of flanking regions of its recognition sites. Biol. Pharm. Bull. 18,pp.1328-1334 （共著） 1995
49.	論文	三重鎖DNAと遺伝子発現制御医学のあゆみ 173,758-759頁（単著） 1995
50.	論文	DNAの高次構造と遺伝子発現制御放射線生物研究 29,10-24頁（単著） 1994
51.	論文	The loop sequence plays crucial roles for isomerization of intramolecular DNA triplexes in supercoiled plasmids. J. Mol. Biol. 235,pp.185-197 （共著） 1994
52.	論文	三重鎖DNAと遺伝子発現制御細胞工学 13,277-285頁（共著） 1994
53.	論文	三重鎖DNAの化学と生物学ファルマシア 30,173-177頁（共著） 1994
54.	論文	DNA-protein interactions at the S. cerevisiae alpha2 operator in vivo. Nucleic Acids Res. 20,pp.1553-1558 （共著） 1993
55.	論文	Escherichia coli single-stranded DNA-binding protein alters the structure of intramolecular triplexes in plasmids. FEBS Lett. 333,pp.261-267 （共著） 1993
56.	論文	Nucleosome positioning and transcription. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 57,pp.237-245 （共著） 1993
57.	論文	三重鎖DNA 生物物理 33,68-73頁（共著） 1993
58.	論文	遺伝子の発現と制御におけるクロマチンの機能構造−ヌクレオソームポジショニング蛋白質核酸酵素 38,971-981頁（単著） 1993
59.	論文	Preferential binding of E. coli histone-like protein HUalpha to negatively supercoiled DNA. Nucleic Acids Res. 20,pp.1553-1558 （共著） 1992
60.	論文	Stable nucleosome positioning and complete repression by the yeast alpha2 repressor are disrupted by amino-terminal mutations in histone H4. Genes Dev. 6,pp.411-425 （共著） 1992
61.	論文	Nucleosomes are positioned with base pair precision adjacent to the alpha2 operator in Saccharomyces cerevisiae. EMBO J. 10,pp.3033-3041 （共著） 1991
62.	論文	Multiple non-B-DNA conformations of polypurine•polypyrimidine sequences in plasmids. Biochemistry 29,pp.4704-4713 （共著） 1990
63.	論文	Site-specific inhibition of EcoRI restriction/modification enzymes by a DNA triple helix. Nucleic Acids Res. 18,pp.157-161 （共著） 1990
64.	論文	Intramolecular DNA triplexes in supercoiled plasmids: I. Effect of loop size on formation and stability. and stability. J. Biol. Chem. 264,pp.5944-5949 （共著） 1989
65.	論文	Intramolecular DNA triplexes in supercoiled plasmids: II. Effect of base composition and noncentral interruptions on formation and stability. J. Biol. Chem. 264,pp.5950-5956 （共著） 1989
66.	論文	Tetracycline promoter mutations decreases non-B DNA structural transitions, negative linking differences and deletions in recombinant plasmids in Escherichia coli. J. Mol. Biol. 207,pp.513-526 （共著） 1989
67.	論文	Intramolecular DNA triplexes in supercoiled plasmids. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 85,pp.6292 （共著） 1988
68.	論文	The Chemistry and Biology of Unusual DNA Structures adopted by Oligopurine•oligopyrimidine sequences. （共著） 1988
69.	論文	In vivo phosphorylation of histones H1 and H5 in calf thymus and chicken erythrocyte as studied by 31P nuclear magnetic resonance spectroscopy. 102,pp.351-358 （共著） 1987
70.	論文	Tyrosine-specific dephosphorylation-phosphorylation with alkaline phosphatases and epidermal growth factor receptor kinase as evidenced by 31P NMR spectroscopy. J. Biochem. 101,pp.1107-1114 （共著） 1987
71.	論文	Involvement of the histidine residues in the pH-induced conformational change of histone H5. Arch. Biochem. Biophys. 241,692-695頁（共著） 1985
72.	論文	Distinction and similarity in the structure of histones H1 and H5 as indicated by 13C nuclear-magnetic-resonance spectroscopy. Eur. J. Biochem. 148,pp.431-436 （共著） 1984
73.	論文	Multiple conformations coexist and interchange in natural B DNA fibers. J. Mol. Biol. 174,pp.221-229 （共著） 1982
74.	その他	ゲノムからの遺伝情報の発現明星大学物性研究センターμ 40,840-845頁（単著） 2007
75.	その他	クロマチンの機能構造を制御するヒストンのアセチル化ファルマシア 33,1259-1260頁（単著） 1997
76.	その他	クロマチン構造と転写：古くからの疑問に対する最近の展開化学と工業 49,570頁（単著） 1996
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■ 講師・講演

1.	2009/10	第82回日本生化学会大会シンポジウム「天然変性タンパク質による分子認識機構の解明を目指して」（神戸）
2.	2008/10	大阪大学蛋白質研究所セミナー：クロマチン −構造とダイナミクス−（大阪）
3.	2008/06	第8回日本蛋白質科学会年会　ワークショップ「構造から理解するDNA結合タンパク質の機能」（東京）
4.	2007/12	第30回日本分子生物学会・第80回日本生化学会大会合同大会、ワークショップ「クロマチン工学の開拓」（横浜）
5.	2007/03	理研シンポジウム「DNA編集によるタンパク質の構築−実践的タンパク質デザイン戦略−」（東京）
6.	2005/12	第25回日本分子生物学会年会ワークショップ「ヒストンコードを超えて染色体構造変換制御へ」（福岡）
7.	2004/12	第27回日本分子生物学会年会ワークショップ「染色体ダイナミクスとゲノム維持」（神戸）
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■ 学会発表

1.	2008/08/29	Nucleosome placement governs PHO5 expression in the yeast genome.（8th EMBL Transcription Meeting）
2.	2008/07/20	Functional analysis of nucleosomes in PHO5 regulation in the yeast genome.（2008 Yeast Genetics and Molecular Biology Meeting）
3.	2007/08/27	alpha2/Mcm1-dependent positioned nucleosomes prevent activator from binding in vivo.（Cold Spring Harbor Laboratory Meeting on Mechanisms of Eukaryotic Transcription.）
4.	2006/11/25	Effect of sequence-directed nucleosome-disruption on cell-type specific repression by alpha2/Mcm1 in yeast genome.（2006 ASBMB symposium, Transcriptional Regulation by Chromatin and RNA Polymerase II）
5.	2005/08/27	Chromatin Alteration by Alternative DNA Structures Disrupts a-cell Specific Gene BAR1 in the Yeast Genome.（Cold Spring Harbor Meeting on Mechanisms of Eukaryotic Transcription）
6.	2004/10/15	Influence of chromatin alteration by intrinsic DNA structures on transcriptional repression in yeast genome.（International Symposium on Nucleic Acids, Membranes and Signal Transduction -Symposium in Honor of Professor H. Gobind Khorana, 2004-）
7.	2004/08/27	Functional analysis of nucleosome positioning in repression by the yeast alpha2/Mcm1p repressor.（6th EMBL Transcription Meeting）
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■ 研究課題・受託研究・科研費

1.	2024/04～2027/03	細胞周期におけるセントロメアクロマチンの分子構築と動態の解明基盤研究(C)(一般）（キーワード：セントロメア、クロマチン、ヌクレオソーム、ケミカルマッピング、出芽酵母）
2.	2019/04～2022/03	HMGBタンパク質とヒストンとのインタープレイによるクロマチン動態制御機構基盤研究(C)
3.	2017/04～2019/03	相同組換えにおけるクロマチンでの相同鎖検索機構とその制御メカニズムの解明基盤研究(A) （キーワード：ゲノム、遺伝子、癌、蛋白質、放射線、ゲノム維持修復、ゲノム多様性、ゲノム進化・再編、遺伝情報複製・再編、活性発現の分子機構、染色体構築・機能・分配、生体高分子構造・機能、構造活性相関）
4.	2014/04～2017/03	マイクロサテライト配列におけるヌクレオソーム形成とそのクロマチン動態基盤研究(C) （キーワード：ゲノム機能発現、ヌクレオソーム、クロマチン、反復配列DNA、出芽酵母）
5.	2009/09～2014/03	核内ネットワークを制御する天然変性タンパク質の機能解析新学術領域研究（キーワード：蛋白質、生体分子、分子認識）
6.	2013/04～2017/03	クロマチンにおける相同組換えの分子機構に関する研究基盤研究(A)
7.	2009/04～2012/03	転写制御におけるクロマチンダイナミズムを規定するシス及びトランス因子の機能解析科学研究費補助金　基盤研究(C) （キーワード：遺伝子、発現制御、ゲノム、クロマチン、酵母）
8.	2006/04～2008/03	遺伝情報の発現を制御するクロマチンドメインの分子構築と動態科学研究費補助金　基盤研究 (C) （キーワード：ゲノム、遺伝子、発現制御、クロマチン、酵母）
9.	2005/04～2007/03	酵母細胞のコミットメントにおけるクロマチンを介した転写制御機構科学研究費補助金　基盤研究 (C)
10.	2002/04～2004/03	DNAの構造的性質に基づくゲノムクロマチンの構築原理の解明科学研究費補助金　基盤研究(C)
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■ 学歴

1.	1978/04～1982/03	東京薬科大学薬学部薬学科卒業薬学士
2.	1982/04～1984/03	東京薬科大学大学院薬学研究科薬学修士課程修了薬学修士
3.	1984/04～1987/03	東京薬科大学大学院薬学研究科薬学博士課程修了薬学博士

■ 職歴

1.	2010/04～2023/03	明星大学理工学部総合理工学科（生命科学・化学系）教授
2.	2018/04～2020/03	明星大学副学長
3.	2014/04～2018/03	明星大学理工学部学部長
4.	2005/04～2010/03	明星大学理工学部化学科教授
5.	1998/04～2005/03	明星大学理工学部化学科助教授
6.	1998/03～1998/03	東京薬科大学薬学部講師
7.	1990/09～1998/02	東京薬科大学薬学部助手
8.	1989/09～1990/08	米国国立保健研究所（NIH、NIDDK）博士研究員
9.	1987/07～1989/08	米国アラバマ大学医歯学部博士研究員
10.	2023/04～	明星大学理工学部総合理工学科教授
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■ 教育上の能力

●教育方法の実践例
1.	2000/04/01～	ティーチングアシスタントの活用
●作成した教科書、教材
1.	2006/11/10	教科書の執筆・編集
2.	2004/12/20	教科書の執筆・編集
3.	2000/04/01	演習課題の作成
4.	1998/04/01	補助教材の作成
●その他教育活動上特記すべき事項
1.	2005/04/01～	学位論文指導（博士（理学））
2.	1999/04/01～	学位論文指導（修士（理学））
3.	1998/04/01～	学位論文指導（学士（理学））
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■ 授業科目

1.	【院】化学研究１
2.	【院】化学研究２
3.	【院】生化学特論Ａ
4.	【院】生化学特論Ｂ
5.	ゼミナール
6.	ゼミナール１
7.	ゼミナール２
8.	ナノ・バイオテクノロジー
9.	プロジェクト３
10.	プロジェクト４
11.	分子生物学１
12.	分子生物学２
13.	化学・生命科学基礎ゼミ
14.	化学・生命科学実験２
15.	化学・生命科学実験４
16.	卒業研究
17.	理工学概論
18.	理工実験実習
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■ 所属学会

1.	1982/10～	日本薬学会
2.	1984/04～	日本生化学会
3.	1990/12～	日本分子生物学会

■ 取得特許

分離回収用電気泳動ゲルおよびそれを用いた分離回収法（3359370）

■ プロフィール

人などの真核生物では、遺伝情報の総体であるゲノムDNAは、ヒストンタンパク質と結合したヌクレオソームを単位として細胞核に収納されています。私は、出芽酵母をモデル生物として、化学的手法と遺伝学・分子生物学を組み合わせ、次世代シーケンサーを用いてゲノムワイドでヌクレオソームの動態を解析する方法を開発しています。本研究によって、細胞内でヌクレオソームがどのように変化して遺伝子発現やエピジェネティクスに関与しているかを明らかにしたいと考えています。また、この成果は、がんなどの疾患でみられるエピジェネティック異常の解明にも繋がると期待されます。